Gli scienziati del National Institutes of Health (NIH) hanno sviluppato un nuovo metodo di preparazione del campione per rilevare SARS-Cov-2. Il metodo aggira l'estrazione del materiale genetico dell'RNA del virus, semplificando la purificazione del campione e riducendo potenzialmente i tempi ei costi del test. 

Il metodo è il risultato di una collaborazione tra ricercatori del National Eye Institute (NEI), del NIH Clinical Center (CC) e del National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIDCR).   

I test diagnostici rimangono uno strumento cruciale nella lotta contro la pandemia di COVID-19. I test standard per il rilevamento di SARS-CoV-2 comportano l'amplificazione dell'RNA virale a livelli rilevabili utilizzando una tecnica chiamata PCR di trascrizione inversa quantitativa (RT-qPCR). Ma prima, l'RNA deve essere estratto dal campione. I produttori di kit di estrazione dell'RNA hanno avuto difficoltà a tenere il passo con la domanda durante la pandemia di COVID-19, ostacolando la capacità di test in tutto il mondo. Con l'emergere di nuove varianti di virus, la necessità di test migliori e più veloci è maggiore che mai.

Un team guidato dal dottor Robert B. Hufnagel, capo della NEI Medical Genetics and Ophthalmic Genomic Unit, e il dottor Bin Guan, del Laboratorio di Genomica oftalmica del NEI, ha utilizzato un agente chelante realizzato dalla società di fornitura di laboratorio Bio-Rad, chiamata resina Chelex 100, per preservare l'RNA di SARS-CoV-2 in campioni per il rilevamento mediante RT-qPCR.  

"Abbiamo utilizzato campioni nasofaringei e di saliva con varie concentrazioni di virioni, per valutare se potevano essere utilizzati per il rilevamento diretto dell'RNA", ha affermato Guan, l'autore principale  dello studio, pubblicato su iScience. “La risposta è stata sì, con una sensibilità marcatamente alta. Inoltre, questa preparazione ha inattivato il virus, rendendo più sicuro per il personale di laboratorio gestire i campioni positivi”.

Il team di Hufnagel ha fatto la sua scoperta testando una varietà di sostanze chimiche, utilizzando campioni sintetici e umani per identificare quelle che potrebbero preservare l'RNA in campioni con una degradazione minima, consentendo al contempo il rilevamento diretto del virus mediante RT-qPCR.

Per convalidare il test, Blake M. Warner, DDS, Ph.D., MPH e il suo team del NIDCR hanno raccolto campioni di pazienti (sul protocollo di ricerca NIH IRB 20-D-0094) e li hanno conservati in un mezzo di trasporto virale o nel nuovo ha sviluppato un tampone di resina chelante presso il NIH Symptomatic Testing Facility.

I campioni nei mezzi di trasporto virale sono stati testati dal team di test COVID-19 presso il Centro clinico del NIH, guidato da Karen M. Frank, MD, Ph.D., utilizzando l'estrazione dell'RNA convenzionale e il test RT-qPCR. I campioni nel tampone di resina chelante sono stati riscaldati e l'RNA virale è stato, quindi, testato mediante RT-qPCR. La nuova preparazione ha aumentato significativamente la resa di RNA disponibile per il test, rispetto al metodo standard.

"Riteniamo che questa nuova metodologia abbia chiari vantaggi nell'aumentare la sensibilità, i costi e il risparmio di tempo per i test", ha affermato Hufnagel, "Il metodo stabilizza l'RNA a temperatura ambiente per facilitare il trasporto, la conservazione e la manipolazione in ambienti clinici".